La società nasce nel giugno del 2004 dall'idea di un numeroso gruppo di amici, i quali, spinti dalla passione per il calcio e la voglia di stare in compagnia e divertirsi, danno vita a una squadra di calcio che viene iscritta al campionato F.i.g.c. di terza categoria.

Fondamentale è  stato l’apporto dato dalla famiglia Compri di di F.lli Compri Autovetture, che grazie al loro prezioso aiuto economico, hanno permesso (e stanno permettendo tutt'ora) che questo progetto si potesse concretizzare. 

Dopo 2 stagioni di ambientamento, la Nuova Cometa guadagna nella stagione 2006/07 la prima storica promozione in seconda categoria, vincendo il campionato con 10 punti di distacco dalla seconda. 

Nella stagione 2008/09 la prima grande delusione calcistica, con la retrocessione in terza categoria. 

Nel 2009 la società si trasferisce dallo stadio comunale Pasetto di San Giovanni Lupatoto al campo parrocchiale di S.Maria di Zevio, cambiando il nome da Nuova Cometa a Nuova Cometa S.Maria. 

Nel 2010, il nuovo gruppo dirigenziale, formato principalmente da calciatori blucerchiati non più in attività, concretizza il progetto di avere un proprio settore giovanile, che in pochi anni è passato dagli iniziali 18 ragazzi agli attuali 200. 
Un importante crescita e maturazione societaria è avvenuta proprio con la gestione del settore giovanile perché è con i bambini che si rivedono i valori puri e senza malizia dell’amicizia e dello sport di squadra. 

Nel frattempo la prima squadra guadagna altre 2 promozioni  (stagione 2012/13 e 2015/16) e continua a navigare saldamente da 10 anni nel campionato di seconda categoria.